молекулярное профилирование - маршрут действий
«Знать врага в лицо»
Тестирование биомаркеров рака независимо от объема тестирования должно выполняться в момент постановки диагноза, чтобы пациент и доктор понимали индивидуальные особенности опухоли пациента и все возможные варианты лечения. Другие названия тестирования биомаркеров рака: «геномное профилирование» или «молекулярное профилирование опухоли». Результаты тестирования биомаркеров рака – по сути это молекулярный паспорт, портрет опухоли.
1
Если биопсия уже выполнена…
Уточнить выполнялось ли тестирование биомаркеров:
- Если да, узнать есть ли варианты таргетных препаратов, иммунотерапии или клинических исследований для пациента.
- Если нет, узнать можно ли провести тестирование биомаркеров, используя образец опухоли, который есть. В таком случае нет необходимости проводить повторную биопсию.
3
Варианты тестирования,
о которых подумать
Существуют разные виды тестирования биомаркеров рака:
- один определенный биомаркер,
- небольшие панели (несколько десятков биомаркеров),
- комплексное геномное профилирование (широкая панель на 300-500 генов).
5
Если биопсия только планируется…
2
Попросить забрать побольше ткани (2-3 столбика), чтобы хватило, в том числе для тестирования биомаркеров (молекулярного профилирования опухоли).
Количество ткани опухоли в блоках, время, деньги – три ключевых фактора: БЛОКИ
6
Каждый «заход» на тестирование – это срез (расход) ткани опухоли в блоке. Не имеет значения, сколько генов анализируется при тестировании (1 ген или 300-500 генов), для тестирования в данный момент в данной лаборатории - свой отдельный срез.
Забрать блоки и стекла из лаборатории
4
Для тестирования биомаркеров рака идеальным биоматериалом является ткань опухоли. Образец (кусочек) ткани опухоли обычно получают по результатам биопсии или хирургической операции по удалению опухоли. Необходимо забрать блоки и стекла в лаборатории медицинского учреждения, где делали биопсию или операцию.
Парафиновые блоки
с тканью опухоли
с тканью опухоли
молекулярное профилирование - маршрут действий
«Знать врага в лицо»
Тестирование биомаркеров рака независимо от объема тестирования должно выполняться в момент постановки диагноза, чтобы пациент и доктор понимали индивидуальные особенности опухоли пациента и все возможные варианты лечения. Другие названия тестирования биомаркеров рака: «геномное профилирование» или «молекулярное профилирование опухоли». Результаты тестирования биомаркеров рака – по сути это молекулярный паспорт, портрет опухоли.
1
Если биопсия уже выполнена…
Уточнить выполнялось ли тестирование биомаркеров:
- Если да, узнать есть ли варианты таргетных препаратов, иммунотерапии или клинических исследований для пациента.
- Если нет, узнать можно ли провести тестирование биомаркеров, используя образец опухоли, который есть. В таком случае нет необходимости проводить повторную биопсию.
3
Варианты тестирования,
о которых подумать
Существуют разные виды тестирования биомаркеров рака:
- один определенный биомаркер,
- небольшие панели (несколько десятков биомаркеров),
- комплексное геномное профилирование (широкая панель на 300-500 генов).
5
Если биопсия только планируется…
2
Попросить забрать побольше ткани (2-3 столбика), чтобы хватило, в том числе для тестирования биомаркеров (молекулярного профилирования опухоли).
Количество ткани опухоли в блоках, время, деньги – три ключевых фактора: БЛОКИ
6
Каждый «заход» на тестирование – это срез (расход) ткани опухоли в блоке. Не имеет значения, сколько генов анализируется при тестировании (1 ген или 300-500 генов), для тестирования в данный момент в данной лаборатории - свой отдельный срез.
Забрать блоки и стекла из лаборатории
4
Для тестирования биомаркеров рака идеальным биоматериалом является ткань опухоли. Образец (кусочек) ткани опухоли обычно получают по результатам биопсии или хирургической операции по удалению опухоли. Необходимо забрать блоки и стекла в лаборатории медицинского учреждения, где делали биопсию или операцию.
Парафиновые блоки
с тканью опухоли
с тканью опухоли
Поэтому важно учитывать:
Кроме исследования генов, в процессе тестирования биомаркеров рака могут исследовать экспрессию белков (HER2, PD-1, PD-L1 и т.д.). Экспрессия белков выполняется иммуногистохимическим методом (ИГХ) под микроскопом и требует отдельного среза из блока.
При планировании тестирования важно понимать:
Если у пациента единственный блок по результатам биопсии, то при небрежном планировании тестирования есть риск остаться с пустым изрезанным блоком и без найденных биомаркеров по результатам тестирований.
- Сколько парафиновых блоков у пациента: была биопсия (мало блоков) или операция (много блоков).
- Если парафиновых блоков много, то по макро- и микроописанию (гистология, ИГХ) надо разобраться, сколько блоков с фрагментами опухоли. Не во всех блоках может быть ткань опухоли. Могут быть блоки с нормальной здоровой тканью, воспалительными процессами и т.д. При тестировании биомаркеров рака анализируют злокачественные клетки, поэтому нужны блоки с тканью опухоли!
- Среди отобранных блоков с присутствием в них злокачественной ткани, ткань опухоли может быть с некрозами и т.д. с невозможностью выделить ДНК. Также есть понятие «клеточности», то есть насколько много злокачественных клеток по концентрации. Это можно оценить по срезу на стекле к блоку. В идеале обсудите с патоморфологом отобранные предварительно блоки, чтобы правильно понимать количество «рабочих» блоков для планирования тестирования биомаркеров.
- Для общего понимания, какие есть требования к биоматериалам для тестирования биомаркеров можно посмотреть инструкции лаборатории Foundation Medicine, например.
Кроме исследования генов, в процессе тестирования биомаркеров рака могут исследовать экспрессию белков (HER2, PD-1, PD-L1 и т.д.). Экспрессия белков выполняется иммуногистохимическим методом (ИГХ) под микроскопом и требует отдельного среза из блока.
При планировании тестирования важно понимать:
- что и каким методом будет выполняться,
- какое количество срезов для чего потребуется,
- подумать о последовательности разных тестирований (например, сделать сначала исследование панели генов, потом ИГХ исследование одного биомаркера или наоборот в зависимости от важности биомаркеров и т.д.).
Если у пациента единственный блок по результатам биопсии, то при небрежном планировании тестирования есть риск остаться с пустым изрезанным блоком и без найденных биомаркеров по результатам тестирований.
Количество ткани опухоли в блоках, время, деньги – три ключевых фактора: ВРЕМЯ
7
«Заход» на тестирование – не только расход ткани опухоли в парафиновом блоке, но и время. При прогрессировании, срочном поиске вариантов лечения, когда все варианты исчерпаны, может оказаться критичным объем сделанного молекулярного профилирования опухоли для подбора лечения. Минимальный срок выполнения комплексного геномного профилирования – месяц. Тестирование определенного биомаркера или небольшой панели - 10-20 дней (узнавать в лаборатории), но при отрицательных результатах, поиск других биомаркеров – это опять 10-20 дней, в совокупности такой подход может занять больше времени, чем широкая панель на 300-500 генов.
Количество ткани опухоли в блоках, время, деньги – три ключевых фактора: деньги
8
Главная проблема комплексного подхода по-прежнему остается его стоимость. Хотя она снижается с каждым годом, минимальная цена панели 300-500 генов составляет 209-300 тыс. рублей. Сравнивая расходы на тестирование, надо понимать, что бесплатно для тестирования, как правило, доступны биомаркеры, препараты к которым включены в клинические рекомендации по лечению данного вида рака
и зарегистрированы в России.
При этом могут быть биомаркеры, на которые можно пытаться воздействовать «точно в цель»:
и зарегистрированы в России.
При этом могут быть биомаркеры, на которые можно пытаться воздействовать «точно в цель»:
- препаратами для другого вида рака или
- препаратами, утвержденными для диагноза в мире, но не зарегистрированными в России.
Количество ткани опухоли в блоках, время, деньги – три ключевых фактора: ВРЕМЯ
7
«Заход» на тестирование – не только расход ткани опухоли в парафиновом блоке, но и время. При прогрессировании, срочном поиске вариантов лечения, когда все варианты исчерпаны, может оказаться критичным объем сделанного молекулярного профилирования опухоли для подбора лечения. Минимальный срок выполнения комплексного геномного профилирования – месяц. Тестирование определенного биомаркера или небольшой панели - 10-20 дней (узнавать в лаборатории), но при отрицательных результатах, поиск других биомаркеров – это опять 10-20 дней, в совокупности такой подход может занять больше времени, чем широкая панель на 300-500 генов.
Количество ткани опухоли в блоках, время, деньги – три ключевых фактора: деньги
8
Главная проблема комплексного подхода по-прежнему остается его стоимость. Хотя она снижается с каждым годом, минимальная цена панели 300-500 генов составляет 209-300 тыс. рублей. Сравнивая расходы на тестирование, надо понимать, что бесплатно для тестирования, как правило, доступны биомаркеры, препараты к которым включены в клинические рекомендации по лечению данного вида рака
и зарегистрированы в России.
При этом могут быть биомаркеры, на которые можно пытаться воздействовать «точно в цель»:
и зарегистрированы в России.
При этом могут быть биомаркеры, на которые можно пытаться воздействовать «точно в цель»:
- препаратами для другого вида рака или
- препаратами, утвержденными для диагноза в мире, но не зарегистрированными в России.
Для примера при раке желчевыводящей системы:
- бесплатно (по ОМС) доступно тестирование BRAF, HER2, MSI. В лучшем случае шанс для лечения «точно в цель» 3-4%,
- тестирование FGFR1-4, IDH1, PIK3CA, RET, ALK, ROS1, PD-L1, NTRK увеличивает шансы для таргетной терапии до 20-25%. Их тестирование на платной основе сопоставимо с половиной стоимости комплексного геномного профилирования, но добавляет информацию только по 11 мишеням.
Исключающий и последовательный подходы – возможность «подстраховаться»
9
Если «рабочих» парафиновых блоков с тканью опухоли много, прогрессирования нет или время позволяет, то, чтобы избежать неоправданных расходов на комплексное геномное профилирование, можно действовать следующим образом:
Принимая окончательное решение, какой подход выбрать при тестировании биомаркеров рака, учитывайте дополнительные возможности, которые дает комплексное геномное профилирование (оценка уровня мутационной нагрузки, возможность найти больше поломок в генах, чем когда они же тестируются индивидуально).
- Исключающий подход: основан на том, что при определенных биомаркерах есть высокая вероятность отсутствия других биомаркеров. Например, мутации в гене KRAS, как правило, исключают другие поломки в генах, которые способствуют росту опухоли. Поэтому сначала можно протестировать ген KRAS. Если найдена мутация в гене KRAS, с дальнейшими поисками остановиться.
- Последовательный подход: сначала тестировать биомаркеры доступные бесплатно, затем тестировать биомаркеры с доступными в России препаратами, искать дальше и т.д.
Принимая окончательное решение, какой подход выбрать при тестировании биомаркеров рака, учитывайте дополнительные возможности, которые дает комплексное геномное профилирование (оценка уровня мутационной нагрузки, возможность найти больше поломок в генах, чем когда они же тестируются индивидуально).
11
Иногда ткани опухоли в парафиновом блоке недостаточно или она не подходит по качеству для тестирования (некроз, недостаточно злокачественных клеток во фрагментах ткани опухоли), а новую ткань опухоли получить невозможно по следующим причинам:
В этом случае тестирование можно выполнить по циркулирующей опухолевой ДНК в кровотоке или по асцитической жидкости.
Оба варианта иначе называются жидкостная биопсия.
- опухоль располагается в недоступном месте для биопсии,
- состояние пациента не позволяет провести биопсию,
- не хотят рисковать.
В этом случае тестирование можно выполнить по циркулирующей опухолевой ДНК в кровотоке или по асцитической жидкости.
Оба варианта иначе называются жидкостная биопсия.
Если ткани опухоли нет…
Обязательно сохраните копию отчета
по результатам тестирования биомаркеров в своих медицинских документах!
10
Тестирование биомаркеров рака помогает найти биомаркеры в опухоли пациента, на которые можно воздействовать «точно в цель» существующими препаратами, так и те биомаркеры, для которых нет лечения, но они тоже связаны с раком. Если в будущем лечение появится, имеющаяся информация о биомаркерах в опухоли поможет воспользоваться новым лечением. Важно отслеживать информацию
по биомаркерам, найденным в опухоли пациента.
по биомаркерам, найденным в опухоли пациента.
Если рецидив…
12
Лечение может перестать работать. Рецидив означает, что злокачественные клетки эволюционировали, мутировали, чтобы обойти лечение. В этом случае можно выполнить:
- повторную биопсию опухоли и повторное тестирование биомаркеров, которое может выявить новые биомаркеры, на которые можно воздействовать,
- тестирование можно выполнить по циркулирующей опухолевой ДНК в кровотоке или по асцитической жидкости. Оба варианта иначе называются жидкостная биопсия.
Исключающий и последовательный подходы – возможность «подстраховаться»
9
Если «рабочих» парафиновых блоков с тканью опухоли много, прогрессирования нет или время позволяет, то, чтобы избежать неоправданных расходов на комплексное геномное профилирование, можно действовать следующим образом:
Принимая окончательное решение, какой подход выбрать при тестировании биомаркеров рака, учитывайте дополнительные возможности, которые дает комплексное геномное профилирование (оценка уровня мутационной нагрузки, возможность найти больше поломок в генах, чем когда они же тестируются индивидуально).
- Исключающий подход: основан на том, что при определенных биомаркерах есть высокая вероятность отсутствия других биомаркеров. Например, мутации в гене KRAS, как правило, исключают другие поломки в генах, которые способствуют росту опухоли. Поэтому сначала можно протестировать ген KRAS. Если найдена мутация в гене KRAS, с дальнейшими поисками остановиться.
- Последовательный подход: сначала тестировать биомаркеры доступные бесплатно, затем тестировать биомаркеры с доступными в России препаратами, искать дальше и т.д.
Принимая окончательное решение, какой подход выбрать при тестировании биомаркеров рака, учитывайте дополнительные возможности, которые дает комплексное геномное профилирование (оценка уровня мутационной нагрузки, возможность найти больше поломок в генах, чем когда они же тестируются индивидуально).
11
Иногда ткани опухоли в парафиновом блоке недостаточно или она не подходит по качеству для тестирования (некроз, недостаточно злокачественных клеток во фрагментах ткани опухоли), а новую ткань опухоли получить невозможно по следующим причинам:
В этом случае тестирование можно выполнить по циркулирующей опухолевой ДНК в кровотоке или по асцитической жидкости.
Оба варианта иначе называются жидкостная биопсия.
- опухоль располагается в недоступном месте для биопсии,
- состояние пациента не позволяет провести биопсию,
- не хотят рисковать.
В этом случае тестирование можно выполнить по циркулирующей опухолевой ДНК в кровотоке или по асцитической жидкости.
Оба варианта иначе называются жидкостная биопсия.
Если ткани опухоли нет…
Обязательно сохраните копию отчета
по результатам тестирования биомаркеров в своих медицинских документах!
10
Тестирование биомаркеров рака помогает найти биомаркеры в опухоли пациента, на которые можно воздействовать «точно в цель» существующими препаратами, так и те биомаркеры, для которых нет лечения, но они тоже связаны с раком. Если в будущем лечение появится, имеющаяся информация о биомаркерах в опухоли поможет воспользоваться новым лечением. Важно отслеживать информацию
по биомаркерам, найденным в опухоли пациента.
по биомаркерам, найденным в опухоли пациента.
Если рецидив…
12
Лечение может перестать работать. Рецидив означает, что злокачественные клетки эволюционировали, мутировали, чтобы обойти лечение. В этом случае можно выполнить:
- повторную биопсию опухоли и повторное тестирование биомаркеров, которое может выявить новые биомаркеры, на которые можно воздействовать,
- тестирование можно выполнить по циркулирующей опухолевой ДНК в кровотоке или по асцитической жидкости. Оба варианта иначе называются жидкостная биопсия.